Гидрографическая сеть сегежского района хорошо развита и представлена бассейном реки Выг и Белого моря, в основном это реки длиной до 25 километров, рек свыше 25 км насчитывается всего 17. Гидрографической особенностью сегежского района является наличие озерно-речных систем, причем нередки случаи, когда протяженность озер больше длины речных участков. Большая озерность водосборов обуславливает не только общий обмен водосборов, но и особый гидрологический режим рек.

Водоразделы рек преимущественно узкие, заболоченные, с большим количеством озер, не имеющих видимого поверхностного стока.

Основная река района--Выг, входящая в систему Беломоро-Балтийского водного пути.

Все реки имеют смешанное питание с преобладанием снегового. В годовом ходе уровня воды четко выражены четыре фазы: весеннее половодье, летняя межень, осенне-зимний период и зимняя межень.

Весеннее половодье является наиболее многоводной фазой и составляет 40-50% годового стока. Подъем уровня от снеготаяния начинается, в среднем во второй-третьей декадах апреля и интенсивность его составляет 5-15 см/сутки в начале половодья и 30-60 на пике. Наивысшие уровни отмечаются первой декаде мая. Спад половодья более продолжительный от 30 до 60 дней.

Самые низкие уровни отмечаются в зимний период, продолжительность зимней межени на большинстве рек 130-150 дней.

Годовые амплитуды колебаний уровня составляют до 3 метров на средних и крупных реках и до 1-1,5 метров на мелких.

Годовой ход температуры воды рек в общих чертах повторяет годовой ход температуры воздуха, но более плавно. Наиболее интенсивный нагрев воды в реках происходит в июне; годовой максимум температуры отмечается а в июле и достигает 25-28ºС, при среднемесячной температуре июля 16-21ºС.

Развитие процесса ледообразования происходит преимущественно с третьей декады октября по третью декаду ноября.

Наибольшая толщина льда отмечается в марте и среднемноголетняя ее величина составляет 40-75 см.

Вскрытие рек начинается в начале третьей декады апреля, весенний ледоход развит слабо. Реки Сегежского района отличаются малой мутностью, поскольку водосборы покрыты лесом и достаточно увлажнены.

В Сегежском районе формируются преимущественно гидрокарбонатные поверхностные воды малой минерализации.

На территории Сегежского района расположено большое количество озер, различных по происхождению, режиму, величине. Большая часть их (около 90%) имеют площадь менее 1 квадратного километра.

По происхождению озера преимущественно тектонические, возникшие в результате образования глубоких тектонических трещин и сбросов в земной коре. Эти озера имеют большие глубины, изрезанные узкими и длинными заливами берега.

Другая группа озер--моренные, это озера площадью 15-40 квадратных километров, которые образовались в углублениях, выпаханных самим ледником, или в углублениях подледниковых потоков; встречаются также запрудно-речные озера, которые появились в результате преграждения речных долин ледниковыми насосами. По глубине моренные озера относятся к водоемам мелководным, глубины их обычно не более 3 метров, редко до 10 метров.

Довольно большое распространение имеют озера болотного типа, небольшой до 1 квадратного метра площадью, незначительными 1-3 метра глубинами, овальной формы, с сильно изрезанными берегами.

Самым крупным озером в Сегежском районе является Выг-озеро, которое в 1932 году в связи со строительством Беломоро-Балтийского канала было превращено в водохранилище. В1954 году началось энергетическое использование водной системы реки Выг и были созданы Сегозерское водохранилище, рекой Сегежей соединенное с Выгозерским и объединенное Выгозерское-Ондское водохранилище.

Годовой ход уровня в озерах характеризуется весенним подъемом, с максимумом в мае-июле, постепенным спадом, нарушаемым выпадающими дождями.

На больших и средних озерах годовая амплитуда уровней не велика и не превышает 1,5 метра, на малых озерах она достигает 3 метров.

Весенний нагрев воды в озерах начинается в начале мая. Максимальных значений температура достигает в июле-августе 21-26ºС при среднемесячных ее значениях в эти месяцы 15-18ºС.

Процесс замерзания начинается с образования сала и заберегов, которые появляются в конце октября--начале ноября на небольших озерах и в середине ноября на средних и больших. Замерзание озер отмечается в период с 5 по 17 ноября.

Толщина льда на озерах составляет 40-50 см. Ледяной покров устойчивый, поверхность его преимущественно ровная.

Средняя дата вскрытия озер 15-20 мая, средняя дата очищения ото льда--третья декада мая.

В Сегежском районе очень широко распространены болота, причем это верховные и переходные болота.

Уровенный режим неосушенных верховых болот определяется режимом источников питания и расходом влаги с болотных массивов на испарение и сток.

Максимальный уровень наблюдается весной, с пиком в среднем 30 апреля-5 мая. Спад уровней продолжается до середины июня, июля. Летний минимум отмечается 10-20 августа, зимний минимум выше летнего и приходится на декабрь-январь.

Промерзание болот начинается в среднем в первой декаде ноября, а оттаивание заканчивается в конце мая. Максимальная глубина промерзания наблюдается в конце февраля--начале марта и достигает 35-50 сантиметров.

Гидрографическая сеть района хорошо развита. Большое распространение получили озера и болота.