Почвы района характеризуются значительной замедленностью биологического круговорота веществ и подавленностью микробиологических процессов. Среди почвенных разностей преобладают подзолы. По механическому составу наибольшее распространение имеют супесчаные и песчаные валунно-каменистые почвы, на их долю приходится 69% лесной площади, торфяные и торфянистые почвы занимают 24,7%. По влажности наибольшая часть почв относится к категории свежих (63,1%), сухих (10,5%) и избыточно увлажненных (24,7%). Завалануненность почв Сегежского района настолько велика, что в верхнем горизонте объем валунов составляет 200 и более кубометров на один гектар.

Ниже перечислены преобладающие почвы:
глееземы;
глееподзолистые (изредка встречаются на севере );
сильноподзолистые (основные массивы этих почв располагаются по восточной границе Сегежского района);
подзолы иллювиально-гумусовые (повсеместно встречаемые почвы);
подзолы иллювиально-железисто-гумусовые (наиболее часто встречаемые);
подзолы иллювиально-железистые (встречаются по всей территории района, развиваются на песчаных отложениях, часто имеют лесохозяйственное значение);
подзолы торфянисто-глеевые иллювиально-гумусовые (широко распространенные почвы, развиваются в понижениях на породах легкого механического состава);
торфяные и торфяно-глеевые верховых болот (среди болотных почв занимают, по встречаемости, второе место и концентрируются в центральной котловине района);
торфяные и торфяно-перегнойно-глеевые переходных болот (наиболее часто встречаемый тип болот);
торфяные и торфяно-перегнойно-глеевые низинных болот (редко встречаемый тип болот, приурочены к межозерью Выгозера и Сегозера, южной границе района.

Степень разложения низинных торфов 15-30%, они богаты микроэлементами. Это наиболее пригодные земли для сельскохозяйственного освоения. Нуждаются в осушении, в разной степени в фосфорных и калийных удобрениях, преобладающая часть в известковании. Эррозионные процессы в районе полностью отсутствуют.

Растительность

Сегежский район по лесорастительным условиям выделяется в округ елово-сосновых зеленомошных и сфагновых лесов Онежско-Беломорского водораздела.
Лесистость района 46%.
В составе леса преобладают сосновые насаждения, распространяемые на дренированных возвышенных участках с песчаными, песчано-каменистыми подзолистыми почвами. В замкнутых котловинах--сосняки болотного типа.
Еловые насаждения занимают дренированные приподнято-равнинные участки с суглинистыми подзолистыми почвами и окраины болот.
Лиственные насаждения занимают незначительные площади на пологих склонах.
Большие площади заняты сфагновыми, торфяно-сфагновыми и кустарничковыми болотами с редкостной сосной.
Лишайниковый тип леса занимает 0,4% покрытой лесом площади. Имеет малые полноты и низкую производительность. Возобновление под пологом леса редкое, в основном сосной. Подлесок (можжевельник) и травяной покров (лишайники, вереск, толокнянка и др.) отличается разреженностью и бедностью состава.
Зеленомошный тип леса составляет 73%. В него входят вересковые, брусничные и черничные серии типов леса. В подлеске--рябина, ольха и можжевельник.
Долгомошный тип леса--4%. Сосняки и ельники долгомошники располагаются на заболоченных склонах и западинах между холмов. В подлеске--ива, ольха серая, в травяном покрове--кукушкин лен, сабельник, вахта и др.
Сфагновый тип леса--22%. Травяно-сфагновые, багульниковые осоко-сфагновые и сфагновые серии приурочены к заболоченным понижениям окраинам болот и западинам.
Преобладающими формациями суходольных лугов являются полевично-мелкотравные, душистоколосково-мелкотравные. Пойменные и низинные приозерные луга составляют основной сенокосный фонд района.
Большое значение для района имеют ягодные и грибные ресурсы. Из ягод наибольшее распространение и хозяйственное значение имеют--брусника, черника, клюква; из грибов--белый гриб, подосиновик, волнушка, масленок.
Большая часть лесов района имеет избыточное увлажнением характеризуется значительным количеством болот.
Болотные комплексы обладают ягодными и лекарственными ресурсами, имеют познавательную и эстетическую ценность.